En 1996, a partir de lo que se denominó el Laboratorio Costero de Varadero, gestionado por entidades de la Academia de Ciencias de Cuba y el Programa de Acciones para el mejoramiento de la playa de Varadero que dirigía el Gobierno local, se acordó entre el CITMA y el MINTUR, con el Visto Bueno del Secretario Ejecutivo del Consejo de Ministros la creación, mediante la Resolución 113/96 de la Ministra de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente, de la “Unidad Básica de Inversiones para la Recuperación de la playa de Varadero” con las funciones de:
-Gestionar recursos de todo tipo destinados a lograr la rehabilitación y mejoramiento de la playa de Varadero y de toda la zona costera de provincia de Matanzas.
-Garantizar la calidad ejecutiva desde el punto de vista ambiental de las obras de protección de este entorno en correspondencia con las regulaciones establecidas.
-Promover y participar en las investigaciones referentes al manejo de la zona costera y de protección, así como a su monitoreo integral permanente.
-Promover y participar en proyectos de recuperación de zonas costeras.
-Ejercer el control técnico de los proyectos que se ejecutan en el entorno de la Playa de Varadero y la zona costera de la provincia de Matanzas, asegurando su efectividad técnica y económica.
-Organizar y dirigir las Juntas Coordinadoras de los Programas de Manejo Integrado Costero en el territorio. Realizar servicios científico-técnicos y proyectos de recuperación, mejoramiento, ordenamiento y monitoreo de playas y zonas costeras, y de socialización de la información ambiental referida a estos escenarios.
-Organizar y dirigir el Laboratorio Costero de Matanzas.
Como acciones más importantes se desarrolló, en 1998, el vertimiento de 1 200 000 m³ de arena a lo largo de 12 km de playa comprendidos entre el sector Las Américas y el Canal de Paso Malo, además de realizar otras acciones de manejo de la playa.
En el año 1997, con la aprobación, por el acuerdo 17 del Consejo de la Administración en la provincia de Matanzas, del sistema provincial deáreas protegidas se le otorga la administración de la Reserva Ecológica de Varahicacos al Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente y en consecuencia se crea, en enero de 1997, mediante la Resolución No 56/1997 de la ministra de Ciencia Tecnología y Medio Ambiente, la Unidad Presupuestada denominada Reserva Ecológica Punta Hicacos con la misión de:
-Dirigir, ejecutar y controlar el proceso inversionista de los sectores que la comprenden, incluyendo su puesta en marcha.
-Recopilar datos del área y hacer operativa la infraestructura mínima de manejo y administración, básicamente, para la protección, uso público e investigación.
-Elaborar, como documento básico, el plan de manejo del área.
-Ejecutar las acciones necesarias tendientes a mitigar los impactos en el área y recuperar las zonas afectadas.
-Divulgar los valores naturales e histórico-culturales del área, a través de actividades de educación ambiental con todos los sectores de la vida socioeconómica de la península.
-Desarrollar las acciones necesarias para garantizar los servicios de uso público en el área, que coadyuven a lograr cubrir parcialmente sus gastos con sus ingresos.
La actividad fundamental de esta etapa fue el fuerte proceso inversionista dirigido en dos direcciones fundamentales; la primera encaminada a la limpieza, protección y tratamiento silvicultural de los ecosistemas presentes en el área y la otra a la creación de la infraestructura administrativa, de investigación y de uso público necesaria para elmanejo del área protegida.
En el año 2001, teniendo como premisa la reestructuración de todo el sistema del Ministerio de Ciencia Tecnología y Medio Ambiente y mediante la Resolución 20/2001 de la Ministra, se crea el Centro de Investigaciones y ServiciosAmbientales de Matanzas que asume las misiones que hasta entonces venían desarrollando la Unidad Presupuestada Reserva Ecológica Punta Hicacos, la Unidad Inversionista Recuperación Playa Varadero y las del Grupo de Gestión Ambiental de la Unidad de Medio Ambiente de la Delegación Provincial del CITMA en Matanzas. Esta resolución autoriza la modificación del objeto social y se aprueba el siguiente:
-Dirigir, ejecutar y controlar las actividades relacionadas con la protección y conservación de la Reserva Ecológica.
-Garantizar con el desarrollo de sus investigaciones y estudios, la protección y conservación de las áreas protegidas.
-Prestar servicios científico-técnicos ambientales, en correspondencia con el desarrollo sostenible del territorio matancero.
-Ejecutar acciones en el campo de la educación ambiental. Comercializar productos y servicios que genere la entidad a partir de sus investigaciones, consistentes en:
1.Diseño y ejecución de proyectos de estudio, monitoreo, regeneración y protección de playas y otros ecosistemas, vinculados a la actividad turística y otras que se desarrollan en el territorio matancero.
2.Ejecución de estudios y evaluaciones de impacto ambiental.
3.Realización de análisis de laboratorio para la certificación sobre la calidad de las aguas, el aire y los suelos en los distintos sectores de la provincia.
4.Diseño y ejecución de proyectos de manejo y explotación turística de las áreas protegidas, incluyendo la prestación de servicios gastronómicos sobre la base de la elaboración de platos de origen ecológico.
5.Diseño y ejecución de proyectos sobre sistemas de información geográfica, dirigidos fundamentalmente a empresas turísticas.
6.Diseño y ejecución de proyectos de gestión ambiental a todas las entidades económicas del territorio, especialmente las que desarrollan actividades turísticas.
-Brindar servicios científico-técnicos y actividades recreativo-educacionales.
Durante este tiempo los objetivos estuvieron encaminados por una parte a enfrentar las soluciones a los principales problemas ambientales de la provincia de Matanzas a partir de proyectos de I+D y de innovación tecnológica y de servicios científico-tecnológicos, y por otra a sistematizar las estructuras internas del centro.
En el 2008, se inicia en el país un perfeccionamiento de los objetos sociales de sus organizaciones y se produce el paso de las entidades presupuestadas autofinanciadas, como el caso del Centro, a entidades solo presupuestadas. Como consecuencia de ello sevuelve a producir un cambio en el objeto social que es aprobado por Resolución 221/2008 y que plantea como funciones:
-Evaluar y ejecutar proyectos de I + D y de Innovación Tecnológica en la búsqueda de tecnologías que den soluciones a los problemas ambientales, en moneda nacional.
-Brindar servicios científico –técnico y de asistencia técnica, diseño y servicios ingenieros de instalación y montaje de equipos y sistemas tecnológicos que demanden la Gestión Ambiental en la búsqueda de la sostenibilidad, enmoneda nacional, dirigidos a las siguientes líneas:
1.Elaboración de documentos de solicitud de licencia ambiental.
2.Prefactibilidad y factibilidad ambiental de proyectos y tecnologías.
3.Evaluaciones de impacto ambiental.
4.Monitoreo de ecosistemas naturales, seminaturales y antropicos.
5.Auditorías ambientales.
6.Sistemas de Gestión ambiental y de la calidad.
7.Diagnósticos ambientales.
8.Ordenamiento y reordenamiento de espacios naturales, seminaturales, antrópicos y para la regeneración de hábitat y espacios degradados.
9.Estudios de riesgos tecnológicos y naturales y elaboración de planes de contingencia.
10.Análisis de laboratorios para la certificación sobre la calidad de las aguas, el aire y los suelos.
11.Gestión de manejo de áreas protegidas.
12.Asistencia técnica y capacitación.
13.Auditorias de estudios de eficiencia energética.
14.Gestión y manejo de residuos que incluye caracterización, inventario, transporte, tratamiento y aprovechamiento económico.
-Prestar servicios de explotación de sistemas ingenieros, plantas de clasificación y tratamiento de residuales industriales, en moneda nacional.
-Ofrecer servicios de diseño, ejecución y administración de proyectos de interpretación ambiental y de explotación turística de áreas protegidas y de parques temáticos de la naturaleza bajo la administración del centro, en moneda nacional.
-Brindar servicios de senderismo, a personas jurídicas y naturales en moneda nacional. Brindar servicios de recorridos excursionisticos dentro del Centro, a personas jurídicas y naturales en monedanacional.
-Ofrecer servicios recreativos de cine de la naturaleza con fines científicos y educacionales en moneda nacional. Comercializar de forma mayorista productos y tecnologías relacionadas con el saneamiento ambiental y el tratamiento de residuales, en moneda nacional.
-Brindar servicios de comedor y cafetería a sus trabajadores, en moneda nacional.
Durante esta período aunque han seguido predominando la actividad de servicios científico-tecnológicos y de manejo de ecosistemas como la reserva Ecológica, la playa de Varadero, las playas de la Península de Zapata y más recientemente la Bahía de Matanzas pero se observa una tendencia a incrementar la actividad asociada a proyectos de Investigación Desarrollo y de Innovación Tecnológica.